Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường đã có truyền thống trong tổ chức các khóa đào tạo sau đại học trong các thời gian khác nhau về các chủ để liên quan đến quản lý tài nguyên thiên nhiên và phát triển bền vững.

Từ năm 1989 đến nay, Trung tâm đã tổ chức 12 khoá 6 tháng trên đại học về “Tiếp cận sinh thái học với việc bảo vệ, sử dụng tài nguyên thiên nhiên và phát triển bền vững”, 2 khóa 1 năm về “Đánh giá tác động môi trường”, 5 khóa 3 tháng về “Phát triển miền núi và sinh thái nhân văn” và rất nhiều các lớp tập huấn ngắn hạn khác. Tóm lại, thông qua các lớp trên, Trung tâm đã đào tạo được hơn 500 các bộ nghiên cứu và quản lý trong lĩnh vực quản lý tài nguyên thiên nhiên và bảo vệ môi trường. Ngoài ra Trung tâm còn tổ chức rất nhiều các khóa đào tạo ngắn hạn từ 1 tuần đến 1 tháng trong khuôn khổ các dự án do Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường thực hiện với hàng ngàn lượt người tham gia.

Ngoài ra, Trung tâm còn có thế mạnh về hợp tác quốc tế trong việc xây dựng giáo trình, nguồn cán bộ giảng dạy và nguồn tài chính hỗ trợ. Trung tâm đã được Tổ chức UNESCO Chair hỗ trợ xây dựng giáo trình về môi trường và phát triển bền vững, tổ chức OROVERDE hỗ trợ tài chính và kỹ thuật cho các chương trình đào tạo về môi trường, dự án của IDRC Canada hỗ trợ để xây dựng giáo trình về môi trường và đào tạo cán bộ giảng dạy trong khuôn khổ dự án về quản lý tài nguyên thiên nhiên dựa vào cộng đồng và Trung tâm đang hợp tác với trường Đại học Michigan (Mỹ) để xây dựng giáo trình về đa dạng sinh học và phát triển bền vững. Trung tâm cũng hợp tác với ĐH Brussels (Bỉ), ĐH Goteborg  (Thụy Điển), ĐH Versailles (Pháp) và ĐH London (Anh) để xây dựng chương trình Đào tạo về Sinh thái Nhân văn cho việc Phát triển Bền vững. Thêm nữa, Trung tâm đang hợp tác với Quỹ Manitou (Manitou Foundation) để xây dựng dự án phát triển giáo trình với mục đích đào tạo cho cán bộ đào tạo về phục hồi trái đất bị suy thoái (training trainers for earth restoration).

Đúc kết nhiều năm đào tạo sau đại học trong lĩnh vực môi trường và kinh nghiệm thực tiễn phong phú trong quản lý tài nguyên thiên nhiên, Trung tâm đã xây dựng và được Đại học Quốc gia Hà Nội phê duyệt chương trình đào tạo thạc sỹ và tiến sỹ về Môi trường trong phát triển bền vững. Đây là một chương trình đào tạo mới, lần đầu tiên được triển khai ở Việt Nam nhằm lồng ghép những nguyên lý phát triển bền vững trong mọi hoạt động của xã hội với mục đích hài hòa giữa phát triển kinh tế, công bằng xã hội và bảo vệ môi trường.