CRES có mối quan hệ với nhiều trường đại học, các trung tâm nghiên cứu môi trường và các cơ quan ban ngành trong cả nước như:

Các cơ sở đào tạo của của ĐHQG:

Khoa Sinh học, ĐHKHTN

Khoa Môi trường, ĐHKHTN

Khoa Địa lý, Địa chính, ĐHKHTN

Khoa Địa chất, ĐHKHTN

Khoa Hóa học, ĐHKHTN

Khoa Kinh tế, ĐHQG Hà Nội

Khoa Xã hội học, ĐHKHXH&NV

Trung tâm Việt Nam học và giao lưu văn hóa

Các cơ quan khác:

Cục Môi trường, Bộ Môi trường và Tài nguyên

Cục Kiểm lâm, Bộ Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn.

Viện Công nghệ Môi trường, Đại học Bách khoa Hà Nội.

Trung tâm Môi trường Đô thị và Khu công nghiệp, ĐH Xây dựng HN

Viện Môi trường và Phát triển Bền vững

Trung tâm Phát triển vùng, Bộ Khoa học Công nghệ,

Trung tâm Môi trường và Quy hoạch Bền vững Nông thôn và Đô thị

Đại học Y Hà Nội

Đại học Kinh tế Quốc dân Hà Nội

Viện Quy hoạch Đô thị và Nông thôn, Bộ Xây dựng.

Viện Khoa học Thủy lợi, Bộ NN&PTNT

Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia.

Viện Điều tra và Quy hoạch rừng, (Trung tâm tài nguyên môi trường rừng) Bộ Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn.

Viện Quy hoạch và Thiết kế Nông nghiệp, Bộ Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn.

Viện Địa lý, Trung tâm Khoa học và Công nghệ Quốc gia.

Viện Khoa học Thủy lợi, Bộ Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn.

Viện Nghiên cứu Thủy sản, Bộ Thủy sản

Viện Kinh tế – Sinh thái.

Viện Hải dương học

Các Vườn quốc gia (là địa bàn nghiên cứu thực địa): VQG Cúc Phương, Ba Bể, Cát Bà, York Don, Phong Nha-Kẻ Bàng, Khu bảo tồn thiên nhiên Na Hang, Khu đất ngập nước Ramsar...

Ở các địa phương:

Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh

Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh

Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn các tỉnh

Các Vườn Quốc gia và Khu Bảo tồn trên toàn quốc

Các bộ:

Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn

Bộ Thủy Sản

Bộ Khoa học và Công nghệ

Bộ Tài nguyên Môi trường

Bộ kế hoạch và đầu tư